![](publikacie/fotky/6b214ad3gh5fec)
Daniel JAKUBČIN bývalý (á) študent
PhD. štúdium 2019 - 2020
Školiteľ: Marcela Morvová Školiteľ špecialista: -- Názov:
Abstract:
Mgr. štúdium 2017 - 2019
Školiteľ: Karol Hensel Školiteľ špecialista: Katarína Kučerová Názov: Účinky studenej plazmy generovanej prechodovou iskrou na vodné roztoky proteínov a aminokyselín Abstrakt: V tejto práci sa venujeme účinkom studenej nerovnovážnej plazmy generovanej výbojom prechodovej iskry pri atmosférickom tlaku vo vzduchu na roztoky proteínov a aminokyselín. Modelový proteín, hovädzí sérový albumin (BSA) a aminokyseliny tryptofán (Trp) a tyrozín (Tyr) sme rozpustili v deionizovanej vode a cyklicky opracovali plazmou pre rôzne dlhý čas expozície. Našim cieľom bolo analyzovať účinky plazmy na roztoky proteínov a aminokyselín v závislosti od rôznych parametrov (vstupná koncentrácia, dĺžka opracovania) pomocou UV-VIS absorpčnej a fluorescenčnej spektroskopie. Taktiež sme sledovali vplyv ďalších faktorov (pH, teplota, tvorba zrazenín) v roztoku pri opracovaní plazmou, ktoré sme porovnali s kalibračnými meraniami bez pôsobenia plazmy. Zmeny v sekundárnej štruktúre proteínu sme analyzovali pomocou kruhového dichroizmu (CD). Výsledky ukázali, že pri opracovaní plazmou sa proteín účinne denaturuje, čo sa prejavilo poklesom absorbancie aj fluorescencie roztoku. V závislosti od vstupnej koncentrácie sme po opracovaní roztoku BSA studenou plazmou pozorovali rozdiely v posune maxima fluorescencie, vplyvu pH na roztok, tvorbe zrazenín. Pri pôsobení studenej plazmy na roztok BSA bol pre nižšie koncentrácie (15 μM) dominantným efektom pokles pH a interakcia Trp s iónmi vytvorenými v roztoku, čo sa prejavilo modrým posunom maxima fluorescencie. Pre vyššie koncentrácie (480 μM) bola dominantným efektom samotná denaturácia proteínu a odkrytie Trp uloženého v hydrofóbnom jadre proteínu, čo sa prejavilo červeným posunom maxima fluorescencie a zvýšenou tvorbou zrazenín. Vo výsledkoch z CD sme pre koncentráciu 15 μM pozorovali pokles zastúpenia α-závitníc v sekundárnej štruktúre BSA, čo potvrdilo interakciu Trp s iónmi v roztoku, pričom tento pokles pre vyššie koncentrácie BSA nebol pozorovaný. Napriek mnohým zaujímavým výsledkom je však pre presnejšie pochopenie procesov interakcie plazmy a proteínov potrebné vykonať ďalšie merania.
Bc. štúdium 2016 - 2017
Vedúci: Karol Hensel Konzultant: Katarína Kučerová Názov: Účinky studenej plazmy na biomolekuly Abstrakt: V tejto práci sa venujeme účinkom studenej nerovnovážnej plazmy generovanej výbojom prechodovej iskry pri atmosférickom tlaku vo vzduchu na roztok proteínov. Modelový proteín, hovädzí sérový albumín BSA, v troch rôznych koncentráciách (15 μM, 100 μM a 1 mM) a troch rôznych roztokoch (syntetická voda, fosfátový tlmivý roztok, fyziologický roztok) sme opracovali v cyklickom systéme s rôznou časovou expozíciou plazmy. Našim cieľom bolo analyzovať účinky plazmy na proteín pomocou UV-VIS a fluorescenčnej spektroskopie, konkrétne vyšetriť vplyv vstupnej koncentrácie, typu roztoku a dĺžky opracovania. Výsledky ukázali, že pri opracovaní plazmou sa proteín v roztoku účinne denaturuje, čo sa prejavuje výrazným poklesom absorbancie aj fluorescencie. Tento proces denaturácie (narušenia štruktúry proteínu) nie je spôsobený teplom ale sú zaň pravdepodobne zodpovedné reaktívne častice generované plazmou v kontakte s roztokmi a zmena chemických vlastností roztoku. Opracovanie BSA rozpusteného v ťažkej vode a analýza roztoku FTIR spektroskopiou nám ukázali možnosti detailnejšej analýzy denaturácie proteínu prostredníctvom sledovania zmien jeho sekundárnej štruktúry. Napriek sľubným výsledkom, pre komplexné pochopenie procesov interakcie plazmy a proteínov bude potrebné vykonať v budúcnosti aj ďalšie merania.
|
|
Súčasní
PhD študenti:
Jana KŠANOVÁ
Darina KUŽMOVÁ
Ramin MEHRABIFARD
Zuzana OKRUHLICOVÁ
Pankaj PAREEK
Gokul SELVARAJ
Sergei SMIRNOV
Peter TÓTH
Mgr/Bc študenti:
Dominik DIŇA
Bývalí
PhD študenti
Mgr študenti
Bc študenti
|